機構は平成18年3月31日付けで、機構法第13条第2項の規定に基づき、国土交通大臣の認可を受けて全国路線網に属する高速自動車国道以外の高速道路を指定しました。
また、同日付けで、同条第3項に基づき、国土交通大臣の認可を受けて地域路線網に属する高速道路を指定しました。
当初指定及びその後の変更内容は以下のとおりです。
【全国路線網に属する高速自動車国道以外の高速道路】
［当初］
［変更］
- 平成21年4月13日（一般国道481号（関西国際空港連絡橋）の追加）
- 平成21年7月17日（一般国道47号（仙台北部道路）の追加）
- 平成23年6月3日 （一般国道468号（首都圏中央連絡自動車道）、一般国道475号（東海環状自動車道）の追加）
- 平成25年5月27日 （一般国道6号（仙台南部道路）、一般国道468号（首都圏中央連絡自動車道）の追加）
- 平成26年4月1日 （一般国道28号（本州四国連絡道路（神戸・鳴門ルート））等の追加）
- 平成29年3月31日 （一般国道１号（淀川左岸線延伸部（門真市から大阪市鶴見区まで））の追加）
- 平成30年3月30日 （一般国道２号（第二神明道路）等の追加）
- 平成30年3月31日（一般国道26号（堺泉北道路）等の追加）
- 平成31年3月31日（一般国道１号（油小路線）等の追加）
- 令和元年6月30日（一般国道31号（広島呉道路）の追加）
- 令和2年3月27日（一般国道4号（東埼玉道路）の追加）
- 令和5年4月1日（一般国道478号（京都縦貫自動車道）の追加）
- 令和6年3月12日（一般国道43号（名神湾岸連絡線）の追加）
【地域路線網に属する高速道路】